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标题: 文献解析 | 上皮性卵巢癌的蛋白质组学特征描绘了不同组织学亚型 [打印本页]

作者: s74993526 时间: 2024-5-27 14:53
标题: 文献解析 | 上皮性卵巢癌的蛋白质组学特征描绘了不同组织学亚型
大家好，今天给大家介绍的这篇文章题为：Prote omic characteri zation of epit helial ovarian cancer deline ates molecular signa tures and thera peutic targets in distinct histolo gical subtypes（上皮性癌症的蛋白质组学特征揭示了不同组织学亚型的分子特征和治疗靶点）透明细胞癌(CCC)、子宫内膜样癌(EC)和浆液性癌(SC)是上皮性卵巢癌(EOC)的主要组织学亚型，其致癌机制的差异仍不清楚。
01
研究背景
透明细胞癌（CCC）、子宫内膜样癌（EC）和浆液性癌（SC）是上皮性卵巢癌（EOC）的主要组织学亚型，其致癌作用的差异尚不清楚。在这里，我们对 80 个 CCC、79 个 EC、80 个 SC 和 30 个对照样品进行了全面的蛋白质组学分析。我们的分析揭示了重要途径中失调蛋白质和磷酸化位点的预后或诊断价值。
此外，蛋白质共表达网络不仅提供了每种组织学亚型的生物学特征的全面视图，而且还指示了潜在的预后生物标志物和进展标志。值得注意的是，EOC具有很强的肿瘤间异质性，在CCC、EC和SC中具有显著的临床特征、蛋白质组学模式和信号通路障碍。
最后，我们推断MPP7蛋白是SC的潜在治疗靶点，其生物学功能在SC细胞中得到证实。我们的蛋白质组学队列为了解分子机制和制定不同组织学亚型的治疗策略提供了宝贵的资源。
见图一
EOC组织学亚型中的蛋白质组景观。

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图一
a 基于MS的蛋白质组分析的实验设置概述。
b 上皮性卵巢癌（EOC）肿瘤和对照组织（CT）样本的 UMAP 图，按 EOC 组织学亚型进行颜色编码。
c 显示临床信息和样本平均蛋白质丰度的热图。
d EOC组织学亚型在肿瘤分期方面的丰度差异。CCC 样品（n = 80）、EC 样品（n = 79）和 SC 样品（n = 80）。P值通过双侧Fisher精确检验计算。
e EOC 组织学亚型的总生存期（OS）（对数秩 P 值 = 4e-08）和无复发生存期（RFS）（对数秩 P 值< 2e-16）的 Kaplan-Meier 图。CCC 样品（n = 80）、EC 样品（n = 79）和 SC 样品（n = 80）。
f 蛋白质亚细胞定位示意图。图标由 Freepik 制作。源数据以源数据文件的形式提供。
见图二
通过蛋白质组学分析鉴定失调的蛋白质和通路。

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图二
a 火山图显示肿瘤中失调的蛋白质上调或下调。adj.P值使用双侧Wilcoxon检验（Benjamini & Hochberg（BH）调整的P值）计算。粉红色和浅蓝色表示 adj.P 值< 0.01 的蛋白质，而深红色和蓝色表示 adj.P 值< 0.01 和 |log2（倍数变化）|>1。
b 按不同类别着色的条形图显示失调蛋白质的富集生物过程（BPs）。adj.P 值使用超几何检验（BH 调整后的 P 值）计算。左条表示富含下调蛋白的 BP。右柱表示富集上调蛋白质的通路。
c 富集 KEGG 通路的条形图，粉红色条表示富集在上调蛋白中的通路，绿色条表示富集在下调蛋白中的通路。adj.P 值使用超几何检验（BH 调整后的 P 值）计算。
d GSEA结果显示，在代表癌症标志的标志物集的背景下评估的特征。富集评分的统计显着性（标称 P 值）使用基于经验表型的排列检验程序计算。
e 棒棒糖图显示了蛋白质的倍数变化值，森林图显示了这些蛋白质的曲线下面积（AUC）。当前队列：EOC 样本（n = 239）和 CT 样本（n = 30）。CPTAC 队列：EOC 样本（n = 83）和 CT 样本（n = 20）。点和误差线显示 AUC 和 95% 置信区间（CI）。源数据以源数据文件的形式提供。
见图三
EOC中的信号通路紊乱表明了治疗机会。

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图三
a KEGG通路中的异常蛋白质。
b 热图显示了蛋白质在四种途径中的表达，森林图显示了使用 Cox 分析（BH 调整后的 P 值）的蛋白质的 HR。星号代表 Cox adj.P 值，*adj.P 值< 0.05（adj.P 值显示在补充数据 6 中）。CCC 样品（n = 80）、EC 样品（n = 79）、SC 样品（n = 80）和 CT 样品（n = 30）。点和误差线显示风险比（HR）和 95% CI。源数据以源数据文件的形式提供。
见图四
蛋白质共表达网络和肿瘤进展标志。

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图四
a 由 896 个节点和 13,574 条边组成的蛋白质共表达网络。节点根据模块成员身份进行颜色编码。显示了不同模块的代表性富集生物学术语。
b 网络中显示的相互作用的成对蛋白质-蛋白质相关性的密度图。网络中的交互数（n = 13,574）和 STRING 中的交互数（n = 5611）。箱线图显示中位数（中心线）、四分位数上限和下限（框限制）、最小到最大范围。
c 每种组织学亚型的异常蛋白表达水平叠加在网络上。红点和蓝点分别代表上调和下调差异表达的蛋白质。
d 模块31的子网。
e 箱线图显示了不同组织学亚型中 IFIT1 （P 值 = 3.3e-05）、IFIT2 （P 值 = 8.7e-04）和 IFIT3 （P 值 = 9.5e-07）的丰度。P值使用Kruskal-Wallis检验计算。星号字符表示表达式差异的显著性，***P 值< 0.001，****P 值< 0.0001。第一阶段样品（n = 81）、第二阶段样品（n = 47）、第三阶段样品（n = 88）和第四阶段样品（n = 23）。箱线图显示中位数（中心线）、四分位数上限和下限（框限制）、最小到最大范围。
f IFIT3 的 Kaplan-Meier 生存曲线。源数据以源数据文件的形式提供。
见图五
亚型特异性蛋白的比较和表征。

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图五
a 维恩图显示了在EOC的不同亚型中报告的差异表达蛋白质的重叠。
b、c GO类别和分子通路富集于差异表达的亚型特异性蛋白中。CCC 特异性蛋白（n = 861）、EC 特异性蛋白（n = 423）和 SC 特异性蛋白（n = 1094）。GO类别根据功能主题进行分组。P值是使用超几何检验计算的。
d 亚型特异性蛋白在 Rho GTP 酶信号转导通路中富集。源数据以源数据文件的形式提供。
见图六
不同组织学亚型的潜在治疗靶点。

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图六
a、c、e CSPG4、TMEM87A 和 MPP7 在各自组织学亚型中的表达水平。CCC 样品（n = 80）、EC 样品（n = 79）和 SC 样品（n = 80）。P 值是使用 Kruskal-Wallis 检验计算的。箱线图显示中位数（中心线）、四分位数上限和下限（框限制）、最小到最大范围。分别在 CCC、EC 和 SC 患者中表达 CSPG4、TMEM87A 和 MPP7 的患者的 b、d、f Kaplan-Meier 生存曲线。CCC 样品（n = 80）、EC 样品（n = 79）和 SC 样品（n = 80）。其中，红线代表高表达蛋白，蓝线代表低表达蛋白。
g OVCAR-3、A2780 和 ES-2 细胞感染携带 shMPP7 或 shNC 的慢病毒载体。感染后48小时通过流式细胞术分析细胞周期分布。
h 感染后 48 h 通过膜联蛋白 V-FITC/PI 染色测量细胞凋亡。通过流式细胞术评估膜联蛋白 V-FITC 阳性和 PI 阳性细胞（晚期凋亡）以及膜联蛋白 V-FITC 阳性和 PI 阴性细胞（早期凋亡）的计数。数据通过平均值±标准差表示，并通过单因素方差分析（ANOVA）进行分析，然后进行 Tukey 检验或 Brown-Forsythe 和 Welch 方差分析，然后进行 Tamhane T2 检验。流式细胞术实验重复四次。源数据以源数据文件的形式提供。
02
研究结论
总之，我们基于蛋白质组学分析对EOC进行了全面的表征，拓宽了我们对与这种致命恶性肿瘤相关的分子特征的理解。EOC 和 CT 组织样本的蛋白质组学表征揭示了蛋白质失调和关键信号通路中断的特征。蛋白质网络重建不仅提供了每种组织学亚型生物学特征的全局视角，而且还提出了潜在的预后生物标志物和进展标志。
EOC显著的组织学亚型特异性表现在各个方面，包括分期、存活率、复发率和信号通路的调控。基于组织学亚型在蛋白质丰度、预后能力和药物能力方面的明显差异，我们还分别预测了每种亚型的潜在靶点。体外实验进一步凸显了MPP7在SC细胞恶性行为中的重要性。
虽然MPP7在SC细胞中的生物学功能的实验验证可能并不代表MPP7的预后价值，但我们的研究为SC的药物治疗提供了一个潜在的靶点，需要在未来的研究中进一步验证。因此，这项综合分析为EOC的生物学特征、临床诊断和治疗提供了广泛的见解。
好了，今天的文献解读就到这儿来，我们下期再见！如果你正在开展临床研究.需要方案设计.数据管理. 数据分析等支持.也随时可以联系我们。

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