Rosetta基础2: 运行Rosetta的程序的基本步骤

Rosetta基础2: 运行Rosetta的程序的基本步骤

运行Rosetta的程序主要通过Commandline界面在Linux或超算系统上进行，涉及找到合适的app、准备输入文件、执行应用和分析结果。以下是基本步骤的详细描述：

1. 在Linux系统中，Rosetta的独立应用(app)通常位于$ROSETTA/main/source/bin/文件夹，app的命名遵循编译环境和版本，例如relax.mpi.macosclangrelease。使用如下的命令可以查询app列表：

2. 准备输入文件，如PDB格式，但不同app可能需要特定格式的文件，如Fragment、Span或Loop文件。Rosetta能处理多种输入，但建议先对晶体PDB结构进行Relax预处理。

3. 执行Rosetta程序，如Relax，需要通过命令行输入Command（如relax.mpi.macosclangrelease）、options（如-s 1ubq.pdb）和SourceData（如pdb文件）。一般格式为:

4. 例如，带约束结构优化的命令可能是:

5. 分析输出结果，如Relax的PDB和score文件，需查看打分项，如总能、范德华力和静电相互作用，可能需要结合文献和计算资源进行深入分析。

6. 对于打分和结果理解，应参考原始文献、开发者指南，理解其局限性和可能存在的“假阳性”，并进行模型筛选和实验验证。

以上是运行Rosetta程序的基本流程，详细操作需参照Rosetta APP文档和Options_list页面。